Buitengewoon opsporingsambtenaren (boa’s) staan onder toezicht van een toezichthouder en een direct toezichthouder. De hoofdofficier van Justitie is aangewezen als toezichthouder op de boa’s. Als direct toezichthouder wordt aangewezen de korpschef van de Nationale Politie of de commandant van de Koninklijke Marechaussee (artikel 36 Besluit buitengewoon opsporingsambtenaar). De toezichthouder ziet er op toe dat de boa zijn taak bij de opsporing naar behoren vervult en de opsporingsbevoegdheden op juiste wijze uitoefent. Daarnaast ziet de toezichthouder toe op een goede samenwerking met de politie en heeft zij een adviserende taak aan de minister van Justitie en Veiligheid. De direct toezichthouder heeft onder meer tot taak er op te letten dat boa’s hun opsporingsbevoegdheden op de juiste manier gebruiken, goed samenwerken met de politie en haar instructies naleven. Andere taken en bevoegdheden van de direct toezichthouder zijn terug te lezen in Bijlage B van de Beleidsregels Buitengewoon Opsporingsambtenaar.
Om de adviserende en toetsende rol te kunnen vervullen, is het noodzakelijk dat de toezichthouder en de direct toezichthouder door de werkgever worden voorzien van informatie die, op basis van het Besluit wordt verstrekt. Het gaat hierbij bijvoorbeeld om jaarverslagen, klachten, integriteitsschendingen en geweldsmeldingen.
Om aan deze verplichting te kunnen voldoen moeten organisaties waar boa’s werkzaam zijn bijvoorbeeld beschikken over een klachtenregeling. Bij het indienen van klachten kan een onderscheid worden gemaakt tussen de boa die werkzaam is bij een publiekrechtelijke organisatie en de boa die werkzaam is bij een privaatrechtelijke organisatie. In het eerste geval wordt een gedraging van de boa opgevat als een gedraging van het bestuursorgaan. Klachten worden in principe bij het bestuursorgaan zelf ingediend, maar kunnen ook worden ingediend bij de Nationale ombudsman. Een gedraging van de boa die werkzaam is bij een privaatrechtelijke organisatie wordt toegerekend aan de minister van Justitie en Veiligheid. Omdat de gedraging wordt toegerekend aan de minister van Justitie en Veiligheid, moeten klachten worden ingediend bij de Nationale ombudsman. De privaatrechtelijke organisatie blijft zelf verantwoordelijk voor de klachtafhandeling.
Als er sprake is van een klacht over de uitoefening van de bevoegdheden als boa, dan is de organisatie waar de boa werkzaam is verplicht om direct een afschrift van de klacht aan de toezichthouder en direct toezichthouder te zenden. Bij de afhandeling van en het oordeel over een klacht moet de organisatie het oordeel van de toezichthouder en direct toezichthouder meewegen. Een gegronde klacht kan tot gevolg hebben dat de boa zijn of haar akte van opsporingsbevoegdheid kwijtraakt.